Μία από τις πρώτες του ενέργειες μετά την ανάληψη της αρχηγίας του ελληνικού στόλου ήταν να συγκροτήσει εκστρατεία στην Αίγυπτο, για να καταστρέψει τον στόλο του Μοχάμετ Άλι. Πίστευε ότι αν το επιτύγχανε θα δημιουργούσε δυσεπίλυτα προβλήματα στον Ιμπραήμ, που είχε την πρωτοβουλία των κινήσεων στην Πελοπόννησο και θα στερούσε από τον σουλτάνο ένα πολύτιμο σύμμαχο, όπως ήταν ο πατέρας του Ιμπραήμ, Μοχάμετ Άλι.
Η αφορμή δόθηκε από μια ανώνυμη επιστολή, γραμμένη στα ιταλικά, που έφθασε στην Ύδρα από την Αλεξάνδρεια και προειδοποιούσε ότι στα τέλη Μαΐου τουρκικά και αιγυπτιακά πλοία θα ένωναν τις δυνάμεις τους για να καταλάβουν την Ύδρα. Ο ανώνυμος επιστολογράφος καλούσε τους Έλληνες να μην πτοηθούν, αλλά να δράσουν άμεσα, γιατί ο αιγυπτιακός στόλος παρουσίαζε σοβαρά προβλήματα, κυρίως στην ποιότητα του έμψυχου υλικού. Ήταν η ευκαιρία που ζητούσε ο παρορμητικός Κόχραν για μια εντυπωσιακή επιχείρηση, που θα αναστήλωνε το γόητρό του μετά τις καταστροφικές για τους Έλληνες μάχες του Φαλήρου (23 Απριλίου 1827) και Αναλάτου (24 Απριλίου 1827), στις οποίες είχε το γενικό πρόσταγμα, μαζί με τον συμπατριώτη του στρατηγό Τζορζ (Τσερτς).
Στις 25 Μαϊου 1827 ο ελληνικός στόλος με διαταγή του Κόχραν συγκεντρώθηκε στα Κύθηρα. Αποτελείτο από τη φρεγάτα Ελλάς, το ατμοκίνητο Καρτερία, το μπρίκι Σωτήρ, δέκα σπετσιώτικα πλοία (με κυβερνήτες τους Γεώργιο Ανδρούτσο, Θεοδόσιο Μπόταση, Αναγνώστη Κυριακό, Νικόλαο Ράπτη, Εμμανουήλ Λαζάρου, Γεώργιο Πάνου, Ιωάννη Τσούπα, Ανδρέα Σάντο, Ιωάννη Παντελή και Νικόλαο Τζοχαντάρη), ισάριθμα υδραίικα πλοία (με κυβερνήτες τους Ανδρέα Μιαούλη, Γεώργιο Σαχτούρη, Ιωάννη Λαλεχό, Αντώνιο Ραφαλιά, Αντώνιο Κριεζή, Γεώργιο Σαχίνη, Λάζαρο Πινότση, Λ. Παναγιώτου, Θεόδωρο Γκιώνη και Γεώργιο Λαλεχό) και οκτώ πυρπολικά με κυβερνήτες τους Κωνσταντίνο Κανάρη, Γεώργιο Βουδούρη, Μ. Αναστασίου, Ανδρέα Παπαπάνο, Γ. Καμίνη, Δημήτριο Ποριώτη, Παντελή Σπύρου και Ανδρέα Μπούτη. Όπως βλέπουμε, στον στόλο του Κόχραν συμμετείχε η αφρόκρεμα των ελλήνων ναυτικών (η «dream team» θα λέγαμε σήμερα), εκτός του στόλαρχου των Ψαριανών Νικολή Αποστόλη, που είχε πεθάνει προ διμήνου.
Η ελληνική μοίρα κατά τον πλουν της προς την Αλεξάνδρεια δεν συνάντησε κανένα εχθρικό πλοίο. Ογδόντα μίλια έξω από την Αλεξάνδρεια ο Κόχραν συγκάλεσε πολεμικό συμβούλιο για τον καθορισμό της δράσης. Αποφασίστηκε να εισέλθουν στο λιμάνι τα πυρπολικά και να επιπέσουν επί των αιγυπτιακών πλοίων, ο δε στόλος να παραμείνει εκτός του λιμανιού για την παραλαβή των πληρωμάτων των πυρπολικών.
Στις 4 Ιουνίου 1827 η ελληνική μοίρα υπό τον Κόχραν βρισκόταν έξω από το λιμάνι της Αλεξάνδρειας. Για να παραπλανηθεί ο εχθρός είχε μετασχηματισθεί σε εμπορική νηοπομπή, με τη φρεγάτα «Ελλάς» να έχει υψώσει τη σημαία της Σαρδικής (Σαρδηνίας), δήθεν για να παρέχει προστασία στα εμπορικά πλοία. Όμως, το έμπειρο μάτι του καπετάνιου ενός αιγυπτιακού μπρικίου, που εκτελούσε περιπολία έξω από το λιμάνι της Αλεξάνδρειας, αντιλήφθηκε ότι επρόκειτο για ελληνικά πλοία και αμέσως προσπάθησε να εισέλθει στο λιμάνι για να σημάνει συναγερμό στα ελλιμενισμένα αιγυπτιακά πλοία.
Για κακή του τύχη εξώκειλε στα αβαθή της εισόδου του λιμανιού και δύο από τα ελληνικά πυρπολικά διατάχθηκε να το κάψουν, αντί να επιχειρήσουν κατά των αιγυπτιακών πλοίων. Πέτυχαν τον σκοπό τους, αλλά κάηκαν και τα ίδια. Το περιστατικό έγινε αμέσως αντιληπτό στην ξηρά και σήμανε συναγερμός στα αιγυπτιακά πλοία. Λέγεται ότι ο ίδιος ο Μοχάμετ Άλι κατηύθυνε τα μέτρα αμύνης.
Κι ενώ τα ελληνικά πυρπολικά βρίσκονταν στο στόμιο του λιμένος έτοιμα να επιτεθούν, ο βοηθητικός άνεμος άλλαξε σε απόγειο και μετά από λίγο επικράτησε νηνεμία. Η επερχόμενη δύση του ηλίου κατέστησε δύσκολη την επιχείρηση κι έτσι αποφασίστηκε η ματαίωσή της, αφού είχε χαθεί και το στοιχείο του αιφνιδιασμού.
Λόγω της νηνεμίας, η ναυτική μοίρα παρέμεινε όλο το βράδυ αγκυροβολημένη έξω από το λιμάνι της Αλεξάνδρειας και το πρωί της 5ης Ιουνίου πήρε τον δρόμο της επιστροφής με κατεύθυνση τη Ρόδο. Όμως, το πυρπολικό του Δημήτρη Ποριώτη παρέμεινε ακίνητο στη θέση του, λόγω βλάβης. Τότε τριάντα αιγυπτιακά λαντζόνια (βάρκες χωρίς καρίνα) κινήθηκαν απειλητικά εναντίον, αλλά πρόλαβαν να το ρυμουλκήσουν τα πυρπολικά του Κανάρη και του Κυριακού και να το επανεντάξουν στον ελληνικό ναυτικό σχηματισμό.
Έτσι, μια ακόμα επιχείρηση του Κόχραν στέφθηκε από παταγώδη αποτυχία. Ήταν και μάταιη η εκστρατεία στην Αίγυπτο, γιατί, σύμφωνα με τους ειδικούς, το πολύ να κατέστρεφε 4 με 5 αιγυπτιακά πλοία, βάσει του σχεδιασμού της επιχείρησης και των διαθέσιμων μέσων, και δεν θα μείωνε σημαντικά την ισχύ του αιγυπτιακού ναυτικού. Απεναντίας, θα μπορούσε να προκαλέσει ανεπανόρθωτη καταστροφή στον ελληνική ναυτική μοίρα, που αποτελείτο από τα καλύτερα πλοία και τους ικανότερους ναυτικούς, που δεν ήταν όμως συνηθισμένοι να μάχονται σε ανοιχτή θάλασσα.
Πάλι καλά που οι αρχηγοί του τουρκοαιγυπτιακού στόλου, που βρίσκονταν στο Νεόκαστρο (Πύλο) δεν πληροφορήθηκαν έγκαιρα την απουσία όλων σχεδόν των μάχιμων ελληνικών πλοίων στην Αίγυπτο, γιατί κάλλιστα θα μπορούσαν να εκστρατεύσουν και να καταλάβουν την Ύδρα και τις Σπέτσες, που ήταν η ψυχή του Αγώνα εκείνη την περίοδο.
